În conformitate cu legislația în vigoare, Universitatea de Medicină și Farmacie „Iuliu Hațieganu” aplică în administrarea activităților sale, principiul controlului intern managerial. Programul de dezvoltare al sistemului de control intern managerial este actualizat constant de către Comisia de monitorizare, coordonare și îndrumare metodologică din care fac parte șefii structurilor de conducere ai Universității. Actualizarea vizează obiective, acțiuni, responsabilități, termene, precum și alte măsuri necesare dezvoltării acestuia. În plus comisia are atribuții de îndrumare a compartimentelor din universitate în realizarea și actualizarea activităților legate de controlul managerial, de colectare de informații de la compartimente, de informare a Rectorului cu privire la progresele sau problemele înregistrate în implementarea programului și supunerii aprobării conducerii modificările generate de actualizarea programului.

Comisia de monitorizare, care cuprinde conducătorii structurilor academice și administrative este coordonată de către preşedinte. Modul de organizare şi de lucru al Comisiei de monitorizare se află în responsabilitatea preşedintelui acesteia şi se stabileşte în funcţie de volumul şi de complexitatea proceselor şi activităţilor, pe baza Regulamentului de organizare şi funcţionare al comisiei.​