Învăţământul universitar de farmacie din Cluj a fost recunoscut ca facultate de sine stătătoare în anul 1948, după ce trecuse prin două evenimente majore: primul, în 1919, încetarea activităţii universităţii maghiare înfiinţată în 1871, al doilea – o lungă întrerupere, legiferată în 1934.
Între anii 1871 şi 1919, pregătirea studenţilor farmacişti s-a realizat în Facultatea de Medicină din Universitatea de limbă maghiară Franz Joseph (Magyar Királyi Ferencz Jozsef Tudományegyetem).
Învăţământul de farmacie din perioada maghiară s-a desfăşurat în străvechile construcţii improprii care au existat în str. Victor Babeş nr. 8, iar din anul 1915 şi în clădirea din str. Victor Babeş nr. 41. La început, studenţii în farmacie au fost instruiţi de profesorii botanişti, fizicieni, chimişti şi medici. Mai târziu, cursurile de specialitate au fost predate de farmacişti : Tehnica farmaceutică de György Hintz (între 1883 şi 1890), Farmacologia de Hugo Issekutz (1893-1915) şi Áron Ferencz (1915-1919), Farmacognozia de Zsigmond Jakabházy (1912-1919), iar Toxicologia de Gyula (Iuliu) Orient (1917-1919).
Învăţământul de farmacie de la Cluj, în limba română, a luat naştere în anul 1919, în Universitatea Daciei Superioare. Totuşi, după 15 ani de activitate remarcabilă, în 1934, s-a votat şi aplicat „Legea pentru concentrarea învăţământului farmaceutic universitar” în Bucureşti. Reluarea activităţii a avut loc în 1946, deci după 12 ani, în cadrul Universităţii Regele Ferdinand I. După încă doi ani, în 1948, acelaşi învăţământ a fost redefinit, cu titulatura Facultatea de Farmacie.
Întemeietorul învăţământului românesc de farmacie de la Cluj a fost Prof. Dr. G. P. Pamfil (1883-1965), care îşi începuse cariera în 1908, ca farmacist militar. Mereu performant şi excelent organizator, doctor al Universităţii din Geneva, a creat Institutul Farmaceutic al Universităţii din Cluj, pe care l-a condus în calitate de director. În acelaşi timp, a fost şi directorul Farmaciei Clinicilor, pe care a restructurat-o, prin tehnicizare şi amplificare, pornind de la modesta Egyetemi gyögyszertár (Farmacia universitară), înfiinţată în anul 1902.
În lipsa unor profesori de specialitate, Pamfil a colaborat cu profesorii savanţi Adriano Ostrogovich (1870-1956), Ion Grinţescu (1874-1963), Alexandru Borza (1887-1971), Gheorghe Spacu (1883-1955) şi Dan Rădulescu (1881-1969). Foarte grav s-a resimţit, în acel început, lipsa unor tineri licenţiaţi, vorbitori de limbă română care să fie încadraţi ca asistenţi universitari. Şi atunci, Pamfil a angajat studenţi, ca ajutoare în Farmacia Clinicilor. Pe cei care s-au remarcat acolo, i-a transferat preparatori şi asistenţi la disciplinele de Chimie farmaceutică, Farmacie galenică şi Analiza medicamentelor, pe care le reunise în Institutul Farmaceutic. Câţiva dintre cei aleşi: Teodor Goina (1896-1985), Victor Ciocănelea (1901-1993), Ladislau Mártonfi (1903-1973) şi Elisabeta Elekes-Widder (1906-1990) au evoluat ca profesori universitari în etapa care a urmat. Pe tinerii chimişti Ştefan Secăreanu (1893-1979) şi Ion Manta (1900-1979) i-a angajat şefi de lucrări în Institutul Farmaceutic, cu care prilej şi-au susţinut şi examenele pentru licenţa în farmacie. Din fosta universitate maghiară, s-au alăturat Conferenţiarul de Toxicologie Gyula (Iuliu) Orient şi Şeful de lucrări de la Chimie analitică Maximilian Wonnesch (1895-1957). În 1930, Wonnesch l-a însoţit pe profesor la Bucureşti, în cele 6 luni când a elaborat partea de farmacie din Legea Sanitară. Tot atunci, Pamfil a înfiinţat Institutul Chimico-Farmaceutic, iar Wonnesch a rămas să lucreze acolo şi şi-a schimbat numele în Voinescu.
În anul 1948, s-a adoptat „Reforma învățământului”, prin care s-a preluat modelul sovietic de organizare a învățământului. Una din puținele consecințe pozitive ale acestei reforme a fost crearea „Institutului Medico-Farmaceutic”, în cadrul căruia s-a înființat și Facultatea de Farmacie din Cluj, cu o durată de studii de cinci ani, alături de Facultatea de Medicină Generală, Facultatea de Igienă, Facultatea de Pediatrie și Facultatea de Stomatologie. Tot în anul 1948, ca urmare a eforturilor depuse de primul decan al Facultății de Farmacie, profesorul Erwin Popper, s-a obținut o nouă locație pentru Facultatea de Farmacie – clădirea din strada Pasteur nr. 4. În această clădire au funcționat Catedrele de Chimie analitică, Chimie fizică și, mai târziu, Chimie anorganică generală. În anul 1957, Profesorul Erwin Popper a obținut aprobarea pentru începerea construcției primului amfiteatru al Facultății de Farmacie, prin supraetajarea clădirii existente în strada Pasteur nr. 4, denumit inițial Amfiteatrul A, dar care după 1989 a primit numele celui care a făcut posibilă realizarea sa: Erwin Popper.
Dintre cei care au participat la fondarea școlii superioare de farmacie la Cluj, alături de Erwin Popper se numără o serie de personalități remarcabile: profesorul Stoian Ionescu-Petre la Farmacie Galenică, profesorul Teodor Goina la Farmacognozie, profesorul Cristian Maiorovici la Chimie farmaceutică organică, profesorul Victor Ciocănelea la Industria medicamentelor, profesorul Constantin C. Velluda șeful Catedrei de Farmacologie a Facultății de Medicină, care a predat Farmacodinamia, Anatomia și Fiziologia și la Facultatea de Farmacie, profesorul Alexandru Silberg care a pus bazele învățământului farmaceutic de Chimie organică, conferenţiarul Silvia Ionescu, primul titular la Chimie fizică.
În jurul anilor 1960, denumirea Institutului a devenit „Institutul de Medicină şi Farmacie” (IMF) și s-a păstrat până în 1989. În această perioadă o nouă generație de profesori au contribuit la creșterea valorii scolii farmaceutice clujene: Avram Radu la Botanică farmaceutică, Ioan Grecu la Chimie anorganică, Valer Arieșan la Chimie farmaceutică, Teodor Goina, apoi Viorica Cucu la Farmacognozie, Liviu Roman la Chimie analitică, Elena Curea la Controlul medicamentelor și fost decan al Facultății de Farmacie în perioada 1976 – 1984, Ioan Ban a predat Tehnologia farmaceutică, Georgeta Lupuțiu a predat Chimia farmaceutică, fiind și decan în perioada 1984 – 1990. Una dintre cele mai remarcabile personalități care a activat în această perioadă a fost Ioan Simiti, profesor la Catedra de Chimie organică, decan al Facultății de Farmacie în perioada 1968 – 1976 și ulterior prorector. În perioada cât a fost decan a reușit să obțină fondurile necesare pentru a ridica, în strada Ion Creangă nr. 12, o nouă clădire pentru a asigura spații de învățământ pentru o parte din catedrele Facultății de Farmacie (1971 – 1972), în care se află și amfiteatrul care în prezent îi poartă numele.
Din 1990 instituţia tutelară se numeşte Universitatea de Medicină şi Farmacie, iar din 1993 poartă numele primului său profesor de medicină clinică şi decan al Facultăţii de Medicină, Iuliu Haţieganu.
Perioada care a urmat a fost propice pentru dezvoltarea învățământului farmaceutic, au fost înființate discipline noi, în acord cu evoluția profesiei, au fost amenajate noi spații de învățământ, laboratoare pentru desfășurarea activității cu studenții și un amfiteatru, dotarea acestora fiind la nivelul actual al învătământului farmaceutic european. Dintre personalitățile care au contribuit la renumele Facultății de Farmacie în această perioadă pot fi menționați profesor Marius Bojiță, care a predat Controlul medicamentelor, ulterior redenumită Analiza medicamentelor, care a contribuit major la dezvoltarea învățământul farmaceutic prin activitatea în calitate de decan și ulterior prorector și rector al Universității de Medicină și Farmacie „Iuliu Hațieganu”, profesor Sorin Emilian Leucuța, care a predat Tehnologia Farmaceutică, a introdus două materii noi Biofarmacia și Farmacia clinică și a condus Laboratorul de Bioechivalență din cadrul disciplinei de Tehnologie Farmaceutică, profesor Gheorghe Suciu de la disciplina de Dermatofarmacie și Cosmetologie, profesor Honorius Popescu de la disciplina de Farmacognozie-Fitoterapie și Istoria farmaciei, profesor Doina Ghiran de la disciplina de Chimie farmaceutică, profesor Ana Mureșan, de la disciplina de Chimie terapeutică, profesor Constantin Polinicencu de la disciplina de Organizare și Legislație farmaceutică, profesor Mircea Tămaș de la disciplina de Botanică farmaceutică.