La Faculté de médecine est structurée en 11 départements et 71 disciplines.
Les départements sont dirigés par des directeurs de département, assistés par le conseil de département, et les disciplines sont dirigées par des chefs de discipline.
L’organe directeur suprême de la Faculté est le Conseil de la Faculté, et la direction exécutive est assurée par le Doyen.